Ylitornion kristillisen opiston ylläpitäjä on Ylitornion kristillisen opiston kannatusyhdistys ry. Opiston toimintaa hallinnoi johtokunta. Johtokunnan kokoonpano on seuraavanlainen:
Varsinaiset jäsenet:
kirkkoherra Matti Salminen, puheenjohtaja
kappalainen Martti Puontila
työnjohtaja Jari Rautio
terveydenhoitaja Anna-Kaisa Särkelä
pastori Eeva Ylihurula
yrittäjä Reeta Laitinen
Varajäsenet:
Sos-lapsikylän apulaisjohtaja Teemu Rossi
päivähoidon johtaja Kaisu Rautio
opettaja Terhi Hammare
Sihteeri
rehtori Maritta Vimpari, esittelijä
Kokouksissa mukana puheoikeudella opettajakunnan edustaja ja muun henkilökunnan edustaja.
Vuonna 2012
opettajien edustaja Maarit Stenman
henkilökunnan edustaja Vuokko Savela
Varsinaiset tilintarkastajat:
HTM Eija Pasula
Marja Isomaa
Varatilintarkastajat:
HTM Veikko Vaarala
Heikki Eteläaho